Jest to jeden z najchętniej cytowanych tekstów Biblijnych na poparcie doktryny Trójcy. Bardziej wnikliwa analiza ukazuje jednak, że w tym wypadku znacznie więcej w sensie doktryny trynitarnej jest do tego wersetu "wczytywane" niż z niego wynika. Warto przyjrzeć się więc bliżej trzem aspektom tego tematu: 1) konstrukcji gramatycznej i kontekstu Jn. 1:1, 2) relacji Boga i Chrystusa w kontekście innych świadectw Nowego Testamentu oraz 3) nauki Biblijnej odnośnie natury naszego Pana.
Konstrukcja Jn. 1:1 w tekście oryginalnym nie świadczy o tym, jakoby Jezus dzielił z Bogiem naturę w ramach jednego bytu. Wynika to z faktu, że w sformułowaniu "i Bogiem było Słowo" brak jest jednego istotnego elementu: rodzajnika określonego, wskutek czego powyższe określenie nie oznacza równoznaczności obu członów tego wyrażenia, ale raczej wskazuje na cechę Słowa, tj. że było boskie lub "boskiego rodzaju". Choć Jezus jest określany jako theos, nie jest on w żadnym tekście Nowego Testamentu określony jako ho Theos (z rodzajnikiem określonym), co jest określeniem przynależnym jedynie samemu Bogu Najwyższemu. Dla przykładu, analogiczną strukturę gramatyczną do tej występującej w Jn. 1:1 znajdziemy również w 1 Jn. 1:5: "Bóg jest światłem". "Bóg" występuje tutaj z rodzajnikiem określonym, którego brak jest przed słowem "światło". W związku z tym, nie możemy dwóch członów tego wyrażenia użyć zamiennie, tj. możemy powiedzieć, że Bóg jest światłem, ale nie możemy powiedzieć, że światło jest Bogiem. Podobnie w Jn. 1:1 możemy powiedzieć, że boskie było Słowo, natomiast nie możemy powiedzieć (jak to właśnie uczynili tłumacze Biblii Tysiąclecia), że "Bogiem było Słowo".
Warto zwrócić również uwagę na Biblijny kontekst omawianego wyrażenia. Powiedzieliśmy już, że gramatyka wyklucza istnienie osobowej tożsamości Logosa z Bogiem. Podobnie wyrażenie "Słowo było u Boga" wskazuje na ich odrębność: nie można być u kogoś i jednocześnie tym kimś być. Ponadto, Jan wskazuje na kontekst chronologiczny: "Na początku było Słowo ... Ono było na początku u Boga" (Jn. 1:2 BT). W podobnym tonie wypowiada się także apostoł Paweł, nazywając Jezusa "pierworodnym wszystkich rzeczy stworzonych" (Kol. 1:15 BG). Nawet jeśli chcielibyśmy podjąć polemikę odnośnie tego, czy w tych tekstach jest mowa o aspekcie chronologicznym, czy może raczej o statusie ("pierworodny" znaczy "najważniejszy"), pewne jest jedno: określenie Jezusa "pierworodnym", który był "na początku u Boga", z całą pewnością stawia go "obok" istoty Boga i nigdzie tutaj nie ma zawartego nawet cienia sugestii jakoby Chrystus był bytem równoległym do samego Boga Najwyższego, nie wspominając o istnieniu Trójcy.
Trzeba także powiedzieć, że theos nie jest wyrażeniem zarezerwowanym jedynie dla Boga. W odpowiedzi na zarzut, że czyni siebie równym Bogu, Jezus przypomina Żydom, że Słowo Boże nazywa bogami także ludzkich sędziów (Jn. 10:33-36). Co więcej, bogiem (theos) tego świata nazwany jest w Biblii sam Diabeł (2 Kor. 4:4). Theos może więc dotyczyć potężnych jednostek sprawujących władzę innych niż Bóg Najwyższy.
Na temat relacji Boga i Chrystusa w kontekście doktryny trynitarnej możemy mówić przede wszystkim w aspekcie subordynacji oraz natury naszego Pana. Pod pierwszym wspomnianym względem Słowo Boże nie pozostawia wątpliwości, że nasz Pan jest podległy swemu Ojcu i wykonuje Jego wolę. Świadczy o tym wiele fragmentów Biblii, m.in. Jn. 6:57 ("Mnie posłał żyjący Ojciec, a Ja żyję przez Ojca" BT), Jn. 4:34 ("Powiedział im Jezus: Moim pokarmem jest wypełnić wolę Tego, który Mnie posłał, i wykonać Jego dzieło" BT), Jn. 8:28,29 ("Ja nic od siebie nie czynię, ale że to mówię, czego Mnie Ojciec nauczył ... Ja zawsze czynię to, co się Jemu podoba" BT), Hbr. 4:8 ("A chociaż był Synem, nauczył się posłuszeństwa przez to, co wycierpiał" BT).
Odnośnie natury naszego Pana, Słowo Boże wyraźnie naucza, że posiada on naturę Boską: "On jest odbiciem chwały Boga i dokładnym wyobrażeniem samej jego istoty" (Hbr. 1:3 NW). Nie istniał on jednak w tej postaci zawsze, ale została mu ona dana, o czym świadczy kolejny werset: "On o tyle stał się wyższym od aniołów, o ile odziedziczył wyższe od nich imię" (BT). Kiedy się to stało? - Flp. 2:8,9: "... uniżył samego siebie, stawszy się posłusznym aż do śmierci - i to śmierci krzyżowej. Dlatego też Bóg Go nad wszystko wywyższył i darował Mu imię ponad wszelkie imię..." (BT). Co więcej, dzięki ofierze naszego Pana nadzieja zmartwychwstania do Boskiej natury jest teraz także dostępna dla poświęcających się w nim członków Kościoła Bożego (1 Pt. 1:3,4; 2 Pt. 1:4). Fakt posiadania Boskiej natury przez naszego Pana nie oznacza zatem, że posiadał on ją zawsze, i nie jest jednoznaczny ze stwierdzeniem, że jest on osobą Trójjedynego Boga.